Dados los datos del genoma del coronavirus del sitio
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947.3?report=fasta
1) Inserta los elementos de los datos del genoma en la cadena y cuenta los elementos
2) Organiza los elementos como el archivo de ejemplo:
ATTAAAGGTTTATACCTTCCCAGGTAACAAACCAACCAACTTTCGATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAA CGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAAC TAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTG TTGCAGCCGATCATCAGCACATCTAGGTTTCGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTC CCTGGTTTCAACGAGAAAACACACGTCCAACTCAGTTTGCCTGTTTTACAGGTTCGCGACGTGCTCGTAC GTGGCTTTGGAGACTCCGTGGAGGAGGTCTTATCAGAGGCACGTCAACATCTTAAAGATGGCACTTGTGG CTTAGTAGAAGTTGAAAAAGGCGTTTTGCCTCAACTTGAACAGCCCTATGTGTTCATCAAACGTTCGGAT GCTCGAACTGCACCTCATGGTCATGTTATGGTTGAGCTGGTAGCAGAACTCGAAGGCATTCAGTACGGTC GTAGTGGTGAGACACTTGGTGTCCTTGTCCCTCATGTGGGCGAAATACCAGTGGCTTACCGCAAGGTTCT TCTTCGTAAGAACGGTAATAAAGGAGCTGGTGGCCATAGTTACGGCGCCGATCTAAAGTCATTTGACTTA GGCGACGAGCTTGGCACTGATCCTTATGAAGATTTTCAAGAAAACTGGAACACTAAACATAGCAGTGGTG TTACCCGTGAACTCATGCGTGAGCTTAACGGAGGGGCATACACTCGCTATGTCGATAACAACTTCTGTGG
De esta cadena a la siguiente:
1 attaaaggtt tataccttcc caggtaacaa accaaccaac tttcgatctc ttgtagatct
61 gttctctaaa cgaactttaa aatctgtgtg gctgtcactc ggctgcatgc ttagtgcact
121 cacgcagtat aattaataac taattactgt cgttgacagg acacgagtaa ctcgtctatc
181 ttctgcaggc tgcttacggt ttcgtccgtg ttgcagccga tcatcagcac atctaggttt
241 cgtccgggtg tgaccgaaag gtaagatgga gagccttgtc cctggtttca acgagaaaac
301 acacgtccaa ctcagtttgc ctgttttaca ggttcgcgac gtgctcgtac gtggctttgg
Para realizar el análisis del genoma, sigue importando los datos principalmente en un objeto String en Java.
Deberías conocer las herramientas o métodos para trabajar con secuencias de cadenas en Java.
El siguiente video debería darte las herramientas básicas para tratar las cadenas. Comencemos a analizar los métodos simples y comunes para trabajar con objetos String en Java utilizando ciclos iterativos oportunamente codificados, pero sobre todo utilizando la clase String nativa de Java.
ALGUNOS MÉTODOS DE LA CLASE String
• s1.length(): devuelve la longitud de la cadena s1
• S1.charAt(index): devuelve un carácter en la posición prefijada
• s1.equals(s2): dice si s1 y s2 tienen el mismo contenido
• Atención s1.equals(s2) es diferente a s1 == s2!
• s1.compareTo(s2): 0 si s1 es igual a s2, <0 si s1<s2, si s1>s2. Se devuelve el índice del primer carácter diferente
• s1.indexOf (‘c’) devuelve el índice de la primera ocurrencia de c en s1 (-1 si no existe)
• s1.substring(10,18): devuelve la subcadena que va de 10 a 17 (18-1)
• s1.replace(‘E’,’X’): devuelve una cadena con todas las ‘E’ sustituidas por ‘X’
• Atención: substring() y replace() no modifican la cadena, ¡sino que crean una nueva!
Mira el siguiente video para codificar su uso y ver ejemplos de código: