Données du génome du coronavirus à partir du site
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947.3?report=fasta
1) Insérez les éléments des données du génome dans la chaîne et comptez les éléments
2) Disposez les éléments comme le fichier d'exemple :
ATTAAAGGTTTATACCTTCCCAGGTAACAAACCAACCAACTTTCGATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAA CGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAAC TAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTG TTGCAGCCGATCATCAGCACATCTAGGTTTCGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTC CCTGGTTTCAACGAGAAAACACACGTCCAACTCAGTTTGCCTGTTTTACAGGTTCGCGACGTGCTCGTAC GTGGCTTTGGAGACTCCGTGGAGGAGGTCTTATCAGAGGCACGTCAACATCTTAAAGATGGCACTTGTGG CTTAGTAGAAGTTGAAAAAGGCGTTTTGCCTCAACTTGAACAGCCCTATGTGTTCATCAAACGTTCGGAT GCTCGAACTGCACCTCATGGTCATGTTATGGTTGAGCTGGTAGCAGAACTCGAAGGCATTCAGTACGGTC GTAGTGGTGAGACACTTGGTGTCCTTGTCCCTCATGTGGGCGAAATACCAGTGGCTTACCGCAAGGTTCT TCTTCGTAAGAACGGTAATAAAGGAGCTGGTGGCCATAGTTACGGCGCCGATCTAAAGTCATTTGACTTA GGCGACGAGCTTGGCACTGATCCTTATGAAGATTTTCAAGAAAACTGGAACACTAAACATAGCAGTGGTG TTACCCGTGAACTCATGCGTGAGCTTAACGGAGGGGCATACACTCGCTATGTCGATAACAACTTCTGTGG
De cette chaîne à la suivante :
1 attaaaggtt tataccttcc caggtaacaa accaaccaac tttcgatctc ttgtagatct
61 gttctctaaa cgaactttaa aatctgtgtg gctgtcactc ggctgcatgc ttagtgcact
121 cacgcagtat aattaataac taattactgt cgttgacagg acacgagtaa ctcgtctatc
181 ttctgcaggc tgcttacggt ttcgtccgtg ttgcagccga tcatcagcac atctaggttt
241 cgtccgggtg tgaccgaaag gtaagatgga gagccttgtc cctggtttca acgagaaaac
301 acacgtccaa ctcagtttgc ctgttttaca ggttcgcgac gtgctcgtac gtggctttgg
Pour effectuer l’analyse du génome, poursuivez en important les données principalement dans un objet String en Java.
Vous devriez connaître les outils ou les méthodes pour travailler les séquences de chaînes de caractères avec Java.
La vidéo suivante devrait vous donner les outils de base pour traiter les chaînes de caractères. Commençons à analyser les méthodes simples et courantes pour travailler avec des objets String en Java en utilisant des boucles itératives opportunément codées, mais surtout en utilisant la classe String native de Java.
QUELQUES MÉTHODES DE LA CLASSE String
• s1.length() : retourne la longueur de la chaîne s1
• S1.charAt(index) : retourne un caractère à la position
prédéfinie
• s1.equals(s2) : indique si s1 et s2 ont le même contenu
• Attention s1.equals(s2) est différent de s1 == s2 !
• s1.compareTo(s2) : 0 si s1 est égal à s2, <0 si s1<s2,
si s1>s2. L’indice du premier caractère différent est retourné
• s1.indexOf (‘c’) retourne l’indice de la première occurrence de c dans
s1 (-1 si ce n’est pas le cas)
• s1.substring(10,18) : retourne la sous-chaîne qui va de 10
à 17 (18-1)
• s1.replace(‘E’,’X’) : retourne une chaîne avec toutes les ‘E’
remplacées par ‘X’
• Attention : substring() et replace() ne modifient pas la chaîne
mais en créent une nouvelle !
Regardez la vidéo suivante pour coder leur utilisation et voir des exemples de code :